Um estranho fenômeno ambiental há 22 anos na província de Kanazawa fez com que a terra se dividisse e se projetasse para cima, atingindo alturas sem precedentes, criando a área isolada conhecida como The Lost Ground. Kazuma é um jovem mercenário que vive em Lost Ground, procurando qualquer trabalho que possa encontrar para sustentar sua subsistência dentro do ambiente hostil. Ele é uma das poucas pessoas que são dotadas da habilidade Alter, que lhe permite engessar seu braço direito e torso com uma liga metálica. Quando este mercenário encontra SANTO, uma ordem cujo objetivo é suprimir e capturar o que eles chamam de Native Alter Users, e um dos membros de elite da HOLY, Ryuho, uma rivalidade épica começa.