A história se passa na cidade fictícia de Kazamatsuri, onde a civilização moderna e vegetação coexistem pacificamente. Tennouji Kotarou é um estudante do segundo ano colegial. Um rapaz alegre e enérgico, capaz de controlar algumas habilidades especiais que lhe tornam um super-humano. Tennouji, juntamente com Kotori Kanbe, Chihaya Ohtori, Sizuru Nakatsu e Lucia Konohana, faz parte da “Sociedade de Pesquisa Oculta”, um clube de sua escola comandado Akane Senri. Os membros do clube vivem dias de paz, em que juntos descobrem os maiores mistérios sobrenaturais de Kazamatsuri. Mal sabem eles que esses dias tranquilos estão prestes a acabar…