A história centra-se em uma organização chamada Inferno que pretende solidificar-se como a grande líder do submundo do crime. Para isso, ela utiliza de Phantom, uma menina que teve sua memória apagada e é hoje considerada a assassina perfeita, principal responsável pela rápida ascensão da Inferno. Entretanto, tudo muda quando, durante a execução de uma missão, um turista japonês testemunha a ação de Phantom e consegue fugir, escapar, lutar, se esconder, por bastante tempo, tempo suficiente para mestre Scyte ver algo diferente no rapaz. Quando capturado, ao invés de ser executado como seria o procedimento padrão, a Inferno submete o jovem ao mesmo processo realizado em Ein, a Phantom, apagando suas memórias, retirando todas suas perspectivas, rebatizando-o como Zwein e transformando-o em um assassino frio e calculista, um Phantom… ou será que não?