Com o aparecimento de um vírus misterioso que mata todos acima de 13 anos, a humanidade se torna escravizada por vampiros anteriormente ocultos e sedentos de poder que surgem para subjugar a sociedade com a promessa de proteger os sobreviventes, em troca de doações de seu sangue. Entre esses sobreviventes estão Yuuichirou e Mikaela Hyakuya, dois meninos que são levados cativos de um orfanato, junto com outras crianças que eles consideram da família. Descontente por ser tratada como gado sob o cruel reinado dos vampiros, Mikaela traça um plano de fuga rebelde que está fadado ao fracasso. O único sobrevivente a sair do outro lado é Yuuichirou, que é encontrado pela Moon Demon Company, uma unidade militar dedicada a exterminar os vampiros no Japão. Muitos anos depois, agora um membro do Exército Demoníaco Imperial Japonês, Yuuichirou está determinado a se vingar das criaturas que massacraram sua família, mas a que custo? Owari no Seraph é um pós- anime shounen sobrenatural apocalíptico que segue a busca de um jovem por retribuição, enquanto luta por amizade e lealdade contra probabilidades aparentemente impossíveis.