A história começa com Yggdrasil, um popular jogo online que um dia é tranquilamente encerrado. No entanto, o protagonista Momonga decide não fazer logout. Momonga é então transformado na imagem de um esqueleto como “o bruxo mais poderoso.” O mundo continua a mudar, com os NPCs a começam a sentir emoções. Não tendo pais, amigos, ou lugar na sociedade, este jovem esforça-se então para dominar este novo mundo.