A história se passa no futuro. Guiado por uma música em particular, o jovem estudante Suzuhara Sorata, da Era Heisei, é transportado para um lugar desconhecido que se parece muito com as cidades da Era Meiji ou período Taisho de seus livros didáticos. Neste mundo, ele conhece três jovens senhoritas e nove jovens que se juntam a ele numa viagem a bordo do misterioso navio Norn, um globo gigante que flutua no ar.