Em uma tarde ensolarada em seu apartamento em Paris, a assassina de aluguel Mireille Bouquet recebe um estranho e-mail de Kirika Yuumura, uma jovem estudante do Japão, convidando-a a "fazer uma peregrinação ao passado" juntas. Inicialmente pensando que o e-mail é bobagem, ela muda de ideia quando começa a tocar uma música que ela reconhece de sua juventude. Ao se conhecerem pessoalmente, os dois são subitamente emboscados por homens armados. Enquanto Mireille é capaz de se defender do ataque, ela descobre que Kirika é bastante adepta em situações de combate depois que ela mata vários homens armados sozinha. Apesar de sua proficiência em matar, Kirika lamenta sua incapacidade de sentir remorso por suas vítimas. Além disso, Kirika aparentemente não tem memória de como ela adquiriu as habilidades que possui ou mesmo de sua verdadeira identidade. Sentindo a história compartilhada entre eles, Mireille concorda em se juntar a Kirika e, juntos, eles embarcam em uma jornada para descobrir os mistérios de seus passados. Operando sob o codinome "Noir", a frágil aliança da dupla é testada quando eles começam a aceitar empregos, cada um os aproximando da verdade de quem eles realmente são.