No século 21, alienígenas chegaram à Terra e vivem entre os humanos. Na sonolenta Enohana, a pobre estudante Chigasaki Mayuko vive com NieA, uma alienígena de baixa casta ("Under Seven"). Enquanto Mayuko luta constantemente para quitar suas despesas, NieA parece estar totalmente despreocupada com as consequências de suas ações. Enquanto o estranho casal troca faíscas, a nave-mãe alienígena destruída aparece ao fundo...