Nekopara segue a vida de Kashou Minaduki, um jovem rapaz que decidi sair da casa de seus pais para abrir sua própria confeitaria. Kashou só não esperava encontrar entre as diversas caixas de mudança as amáveis gatinhas meio-humanas Chocola e Vanilla, que estão sempre dispostas a ajudar o rapaz com sua nova confeitaria.