A história é sobre Kaname Madoka, uma estudante normal do segundo ano de ginásio de 14 anos que vive uma vida normal, até um estranho encontro acontecer. Ela não sabe se o encontro é coincidência ou se é apenas o destino, mas duas coisas são certas: esse é o momento em que seu destino irá mudar, e também o momento em que começa a história de uma garota mágica. Este anime que é voltado mais para o público adulto leva à tona demonstrações e questões que normalmente não são trabalhadas em mahou shoujos tradicionais que são dirigidos para o público infantil, o que faz de Madoka Magica um anime inovador.