Passado 10 anos depois de Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A's, Nanoha, Fate, Hayate e o resto da equipe estão agora trabalhando em tempo integral no Escritório de Administração do Tempo e Espaço. Nanoha é um instrutor de combate, Fate é um investigador especial e Hayate é um oficial comandante. Eles devem se unir mais uma vez para salvar as dimensões. Apresentando também novos personagens: Subaru, Teana, Caro e Erio. Espera. Preparar.