O clube de basquete do Ginásio Teiko venceu três campeonatos seguidos com um grupo de cinco jogadores conhecidos como "A Geração Milagrosa". No entanto, além desses cinco havia um outro jogador reconhecido dentre eles, um sexto jogador fantasma. Um poderoso jogador, Taiga Kagami acaba de voltar dos Estados Unidos. Quando chega ao Colégio Seirin ele se encontra com um jovem extraordinário, Tetsuya Kuroko, que participou da Geração Milagrosa. Mas Kagami fica chocado ao saber que Kuroko, além de não ser um bom jogador de basquete, é péssimo!