Kotetsushin Jeeg ocorre cinquenta anos após o original e apresenta um novo elenco de personagens - principalmente o novo personagem principal Kenji Kusanagi, um estudante do ensino médio que se torna Kotetsushin Jeeg para combater o repentino reaparecimento de "Haniwa Genjin" ("Haniwa Phantom Gods", ou robôs de argila) do Império Jamada, governado pela rainha Himika. Outros personagens incluem Tsubaki Tamashiro (neta de Miwa Uzuki); e Kyou Misumi. Outros personagens principais da série original também aparecem.