O mundo está no meio da revolução industrial e surge um monstro que só pode ser vencido por um golpe em seu coração, que é protegido por uma camada de ferro. Ao infectar humanos com sua mordida, o monstro pode criar criaturas mortas-vivas agressivas conhecidas como Kabane. Na ilha de Hinomoto, localizada no extremo oriente, as pessoas construíram estações para se abrigar dessas criaturas. As pessoas acessam as estações, assim como utensílios de transporte entre elas, com a ajuda de uma locomotiva a vapor, chamada Hayajiro. Ikoma, um garoto que vive na estação Aragane e ajuda a construir Hayajiro cria sua própria arma chamada Tsuranukizutsu para derrotar as criaturas. Certo dia, enquanto ele espera uma oportunidade de usar sua arma, conhece uma garota chamada Mumei, que é dispensada da inspeção Kabane obrigatória. Durante a noite, Ikoma encontra Mumei novamente enquanto vê Hayajiro sair de controle. A equipe na locomotiva foi transformada nas criaturas. A estação agora está sob ataque dos Kabane. Esta é a oportunidade que Ikoma tanto aguardou!