Há 500 anos um senhor feudal foi atacado, por Yokais, que queriam o seu poder para dominar o mundo. Devido os constantes ataques, um poderoso mago, Tokimori Hazama, foi chamado para o proteger. Hazama veio com dois alunos que conseguiram proteger o Senhor, até o dia de sua morte. Após sua morte, eles o enterraram num lugar ao qual chamaram de Karasumori. Sumimura Yoshimori, é um estudante de 14 anos, descendente do Clã Hazama de Kekkaishi. Ele é herdeiro direto dos poderes do clã. Assim como ele, Yumukura Tokine, também herdou estes poderes, ela é mais velha e é também sua rival como Kekkaishi. Devido ao passado, Yoshimori quer ser mais forte, para que Tokine não precise lutar, mas ele apenas consegue dominar o poder brutamente, enquanto Tokine é extremamente habilidosa e precisa.