Kannazuki no Miko começa na vila de Mahoroba, onde o tempo passa lentamente para o homem e a natureza. Dois estudantes da prestigiosa Academia Ototachibana da vila podem ser noite e dia. Himeko é tímida e não assertiva, enquanto Chikane é ousada e elegante. Apesar disso, eles se amam, e nada pode ficar entre eles, por mais que tentem. No aniversário compartilhado das duas garotas, uma voz sinistra corrompe uma de suas amigas para atacá-las, e justamente quando parecia mais sombrio, os poderes da sacerdotisa lunar e solar que estavam adormecidos nas duas garotas despertam, dissipando o mal. Esse foi apenas o primeiro obstáculo, no entanto. Os dois devem agora afastar os inúmeros outros que ameaçariam seu bem-estar - até mesmo as pessoas mais próximas a eles!