Quatorze anos depois de derrotar o guerreiro imortal Himuro Genma e frustrar os planos malignos do Shogun Sombrio, Kibagami Jubei continua a vagar por todo o Japão como um espadachim sem mestre. Durante sua jornada, ele conhece Shigure, uma sacerdotisa que nunca viu o mundo fora de sua aldeia. Mas quando um grupo de demônios destrói a vila e mata todos, Jubei se torna o alvo principal após adquirir a Joia do Dragão – uma pedra de origem desconhecida. Enquanto isso, Shigure - junto com o monge Dakuan e um jovem ladrão chamado Tsubute - viaja para a vila de Yagyu. E com dois clãs de demônios agora caçando Shigure, Dakuan deve mais uma vez adquirir os serviços de Jubei para proteger a Sacerdotisa da Luz.