A história se passa em 1937, na véspera da Segunda Guerra Mundial. O Tenente Coronel Yuki do Exército Imperial Japonês cria a ”D Agency” (Agência D), uma unidade de inteligência do exército, sobre seu comando e tutela. O General do exército delegou ao Tenente Sakuma a função de observar o desempenho da unidade. Yuki decide recrutar pessoas além dos já graduados na academia militar japonesa e demais funcionários, e estabelece princípios na D Agency que vão contra a doutrina IJA: “Não mates, não morras, não sejas capturado”. Com isso, Yuki treina uma equipe de agentes que realizam missões contra o poder nacional e estrangeiro.