Yagi Takeru vive na casa da família Touma desde que seus pais se foram. Ele foi criado por Touma Rokunosuke, o chefe da casa. Ele está cercado por muitas pessoas, como Yamato Takeshi, seu melhor amigo e rival do clube de kendo, as irmãs Shiratori, Kotono e Asuka, e seu amigo de infância, Oosu Seri. A vida tem sido feliz até que um dia, um terremoto atinge a escola e tudo muda. Takeru acorda e descobre que a escola parece ter sido abandonada por séculos e reduzida a ruínas. Ele também percebe que todos os professores e alunos também desapareceram. Ele se encontra com Seri e Asuka e eles fugiram das ruínas, apenas para perceber que a cidade em que viviam está completamente vazia. Posteriormente, pessoas envoltas em capas aparecem diante dele. Eles foram informados de que foram trazidos para outro mundo.