Com sua paisagem deslumbrante e pessoas prósperas, o Grande Japão é a inveja de todas as outras nações. Mas uma séria ameaça paira sobre o país. Guardiões misteriosos conhecidos como Mestre Samurai são a única defesa do Grande Japão. A pedido do conselho estudantil, o jovem samurai Muneakira Yagyuu chega à Escola Acadêmica Buou. Administrado pelo Shogunato Tokugawa, aqui os filhos dos guerreiros recebem a educação aristocrática necessária para governar o país. A escola é dirigida pelo presidente do conselho estudantil Yoshihiko Tokugawa e sua irmã Sen, que também é amiga de infância de Muneakira.