A história continua a partir de Grisaia no Meikyuu, com Kazami Yuuji sendo detido por suspeita de envolvimento com uma organização terrorista internacional, liderada por Heath Oslo, que conseguiu se infiltrar no Japão com uma nova arma de destruição em massa. Enquanto isso, no Colégio Mihana, os alunos restantes se veem ficando sem tempo, pois a escola fechará em um mês por problemas financeiros. Será que elas vão ignorar as mudanças que acontecem no mundo? O que um simples grupo de alunas colegiais podem fazer contra países e organizações maiores que qualquer indivíduo.