A história de Fortune Arterial gira em torno do protagonista masculino Kohei Hasekura, que se transfere para uma prestigiosa escola pública no estilo de uma escola inglesa de seis anos, abrangendo alunos do ensino fundamental e médio. A escola fica em uma ilha chamada Tamatsu Island, fora da costa do Japão continental, e a única maneira de chegar lá é de barco. Logo após a transferência, ele descobre que um dos alunos da turma ao lado dele, Sendo Erika, é na verdade um tipo de vampiro.