Quando Okajima Rokuro (Rock) vai ao Sudeste da Ásia carregando um disco ultra-secreto, ele é sequestrado por piratas em um torpedeiro, Black Lagoon. Embora ele pensasse que seria resgatado em breve, a empresa realmente o abandona, e envia mercenários para recuperar o disco secreto. Ele escapa com vida, mas não tem para onde ir. Ele renuncia o seu nome e passado, e resolve viver como um membro do Black Lagoon.