Beast Wars Second apresenta um novo elenco de personagens ambientados muitos anos no futuro, que viajam para uma Terra pós-apocalíptica agora conhecida como o planeta Gaia. Os Cybertrons, liderados por Lio Convoy, são enviados ao planeta para investigar uma mudança incomum no comportamento do planeta e assim frustrar os Destrons, liderados por Galvatron, que procuram consumir a rica fonte de energia do planeta chamada Angolmois.