Em 2035, um incidente conhecido como "The Burst" ocorre em uma instalação de pesquisa japonesa, dando origem à "Matter", que se expande rapidamente, consome e se auto-reproduz. Abrindo caminho pelos restos de represas e instalações militares na Garganta de Kurobe, a matéria hostil é cercada por forças-tarefa que tentam impedi-la de chegar ao oceano e por mercenários que procuram a verdade por trás de sua existência.