2×2 Shinobuden é uma comédia que fala sobre as aventuras de Shinobu, a única Kunoichi de um atrapalhado Clã Ninja, cujo mestre é Onsokumaru, um estranho ser que engana a inocente Shinobu dizendo ser um falcão, mas na verdade é um verdadeiro tarado. Shinobu com técnicas quase sempre ineficazes, em umas de suas estranhas missões dadas por Onsokumaru, conhece Kaede Uma estudante de ensino médio, que está em período de provas, depois de muitas confusões ambas se tornam boas amigas. Juntas Kaede e Shinobu vivem engraçadas aventuras com seus amigos ninjas.